單細胞基因組學技術目前正應用得如火如荼，比如單細胞RNA測序(scRNA-seq)和染色質轉座酶可接近性測序(ATAC-seq)。與傳統(tǒng)的大量細胞測序方法相比，單細胞基因組學技術突出了細胞之間的差異，有助于更深入地了解樣本材料。例如，scRNA-seq能夠比較健康和疾病狀態(tài)下的轉錄圖譜，而ATAC-seq能夠說明染色質可接近性及其對基因表達的影響。
不過，此類研究都需要對分離的細胞核進行準確計數(shù)，因為文庫制備的要求是未裂解細胞的數(shù)量低，且樣本中不含細胞團塊和碎片。此外，許多單細胞基因組學技術都需要完整的細胞核才能正常運行。
臺盼藍染色法：
臺盼藍染色是常用的對死活細胞進行分別計數(shù)的方法之一，染色原理是臺盼藍不能透過活細胞完整的細胞膜，故活細胞不著色；而死亡細胞的細胞膜損傷，染料透過細胞膜在細胞內富集而使細胞著藍色。不過，臺盼藍染色并不一定能準確分辨有核細胞和細胞碎片，因此它往往低估細胞總數(shù)而高估細胞活力。
熒光細胞計數(shù)方法：
吖啶橙/碘化丙啶(AO/PI)染色原理：活細胞經AO染色發(fā)出綠色熒光，而死細胞經PI染色發(fā)出紅色熒光。重要的是，對背景復雜的細胞，比如說外周血單個核細胞，含有細胞碎片較多或成簇的細胞計數(shù)，避免了細胞碎片的檢測。這種方法最近也應用在單細胞基因組學應用上，其中綠色對應了完整細胞，而紅色對應了成功分離的細胞核。這種策略讓研究人員能夠計算未裂解的殘留細胞占總細胞數(shù)的百分比，同時對細胞核進行計數(shù)，提示樣本質量，幫助研究人員確定是否繼續(xù)進行單細胞基因組學流程。
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